Evaluation médicale, économique et organisationnelle des plateformes de séquençage à très haut débit SeqOIA et AURAGEN dans le cadre du plan France génomique 2025
A l’issue de la procédure d’appel d’offre du plan France médecine génomique 2025, deux premières plateformes, SeqOIA (Ile de France) et AURAGEN (Auvergne-Rhône-Alpes), ont été sélectionnées pour déployer les tests de séquençage à très haut débit dans les maladies rares et en cancérologie. Les projets d’évaluation médicale, économique et organisationnelle de chacune de ces plateformes, qui avaient été initialement élaborés de manière indépendante, ont été réunis en un seul projet conduit par six équipes de recherche. Ce projet d’évaluation commun vise à répondre à l’objectif 3 du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025.[1] Il tient compte des projets d’évaluation initiaux de l’organisation pilote de chaque plateforme, des attentes de la DGOS, de la HAS et de la CNAM qui ont été précisées dans le cadre de la mesure 12 du PFMG[2], des pré-indications déjà retenues dans le domaine des maladies rares, du cancer et des prédispositions au cancer[3], ainsi que des projets pilotes initiés.[4]
Le projet comprend trois workpackages (WP)
complémentaires portant sur l’estimation des coûts de production et l’évaluation
organisationnelle (WP1 Resp. J. Bonastre Gustave Roussy et Pr X. Xie Mines
Saint-Etienne / J. Margier HCL), les indicateurs de performance des plateformes
et l’impact du séquençage génomique à très haut débit sur le parcours de soins
(WP2 Resp. H. Serrier HCL et Pr I. Durand Zaleski AP-HP), l’efficience, les
scénarios tarifaires et les projections à moyen terme (WP 3 Resp. L. Perrier
Centre Léon Bérard et Pr L. Rochaix / J-C. Dupont Hospinnomics, AP-HP / PSE).
WP1 : Organisation et coûts de production. Responsables J. Bonastre pour SeqOIA et Pr X. Xie / J. Margier pour AURAGEN
Les coûts moyens de production seront estimés pour les différentes technologies et pré-indications. Le périmètre du calcul des coûts comprendra la préparation des bibliothèques, le séquençage, l’analyse bio-informatique et la préparation du compte rendu de l’analyse moléculaire. Une méthode mixte combinant micro-costing et gross-costing sera appliquée pour valoriser les ressources consommées. Les fonctions de production des plateformes et leurs évolutions au cours du temps seront caractérisées de manière à pouvoir tenir compte des différences d’organisation, d’équipement et d’environnement. Les effets d’échelle et les effets d’apprentissage, qui peuvent fortement influencer les coûts de production, seront étudiés. Ce WP sera mené en s’appuyant sur l’expérience des projets pilotes et sur la littérature portant sur les études de coût des techniques de séquençage haut/très haut débit de manière à tirer les enseignements des travaux antérieurs pour conduire cette nouvelle étude de coût sur les plateformes AURAGEN et SeqOIA.
L’évaluation organisationnelle repose sur le développement d’un outil d’aide à la décision sous la forme d’un jumeau digital générique pour la simulation de flux des plateformes. Cet outil permet de procéder à une analyse opérationnelle (identification des goulots d’étranglement dans le flux d’échantillons et le parcours patient), une analyse de risques (identification des étapes sensibles dans la mise en œuvre et l’utilisation des plateformes) mais également une analyse structurelle (identification des défaillances potentielles dans le parcours modélisé) et de capturer l’ensemble des caractéristiques du parcours de prise en charge des patients. Les durées de traitement d’un échantillon de la prescription au retour des résultats, les cadences d’utilisation des plateformes, les charges de travail des ressources humaines, seront notamment évaluées. Par ailleurs, ce modèle de simulation à événements discrets permettra d’évaluer les besoins en ressources en fonction des objectifs en termes de cadences et du temps de cycle de séquençage, et d’aider à la décision des scénarios organisationnels des plateformes.
WP2 : Indicateurs de performance et impact sur le parcours de soins. Responsables : H. Serrier pour AURAGEN et Pr I. Durand Zaleski pour SeqOIA
Les indicateurs de performance des plateformes étudient les étapes de production des résultats et renseignent sur le processus de prescription, analyse et retour des résultats. Les indicateurs d’impact mesurent les changements du parcours de soins décidés à la suite du séquençage. La production des indicateurs de performance des plateformes et l’analyse de l’impact du séquençage génomique à très haut débit sur le parcours de soins reposent sur la constitution de deux cohortes respectivement pour les maladies rares et les cancers. Une liste d’indicateurs pour les pré-indications présélectionnées sera établie avec les cliniciens et les responsables des plateformes. Cette liste comprendra à la fois des indicateurs de processus (performance), comme le délai de rendu des résultats, et des indicateurs de résultats comme le pourcentage de patients pour lesquels il y a eu une recommandation de traitement dans le cadre d’une AMM[1], d’une ATU[2] ou d’un essai clinique.
Afin de mieux préciser l’impact sur le parcours de soins et les coûts, un chaînage de ces cohortes avec les données du SNDS[3] est prévu. L’objectif n’est pas d’évaluer l’impact sur le parcours de soins de manière comparative avec un groupe de patients panel ou témoins mais de décrire les consommations de soins avant et après la réalisation du séquençage. Cette comparaison permettra de déterminer si le résultat du séquençage a conduit à une prise en charge spécifique.
WP3 : Evaluation de l’Efficience, scénarios tarifaires et projections à moyen terme. Responsables : L. Perrier pour AURAGEN et Pr L. Rochaix / J.-C. Dupont pour SeqOIA
L’évaluation coût-résultat du séquençage génomique à très haut débit comparé au séquençage à haut débit par panels et/ou à l’absence de séquençage s’appuiera sur les données produites dans les WP1 et WP2 ainsi que sur des données externes (données d’études observationnelles et/ou d’essai cliniques) et les données du SNDS.[1] L’appariement avec des données externes selon des méthodes économétriques de matching permettra le traitement des biais de sélection. Le modèle de simulation à événements discrets développé dans le WP1 peut être étendu pour une simulation des parcours de patient sur un horizon temporel long afin de permettre des analyses coût-efficacité et coût-utilité. Les analyses coût-utilité seront réalisées par le recours à des données de qualité de vie issues de la littérature.
La caractérisation des bénéfices pour les patients permettra d’explorer, outre les aspects cliniques et de qualité de vie, des bénéfices d’une autre nature (comme l’identification de patients éligibles à des essais cliniques). Il conviendra ici de s’interroger sur l’ensemble des finalités du séquençage et ses conséquences sur les individus concernés, son acceptabilité tant individuelle que sociale pouvant varier selon la nature des bénéfices procurés et la valeur de ces bénéfices. L’analyse de ces bénéfices passera par leur identification à travers une phase préparatoire qualitative, puis par leur valorisation et leur pondération dans une approche de type multicritères.
Des modèles de tarification permettront d’investiguer les conditions d’un passage à l’échelle par des scénarios de généralisation de l’accès aux tests de séquençage à très haut débit. Cette réflexion vise à explorer différents modèles de tarification (modes de rémunération forfaitaires, rémunération de la qualité du service au-delà du seul volume, par exemple), selon la structuration de marché attendue (partage public-privé). Des scénarios de tarification, visant l’équilibre entre rentabilité des plateformes et soutenabilité pour le financeur public, seront développés sur la base des résultats cliniques, organisationnels et économiques obtenus et sous différentes hypothèses d’intervention d’opérateurs privés (concurrents ou complémentaires des plateformes).
