La plateforme AURAGEN de séquençage à très haut débit à visée sanitaire a été implémentée par le Consortium AURAGEN sur la région Auvergne Rhône-Alpes.

Ce consortium est composé du GCS AURAGEN rassemblant les 4 CHU et les 2 Centres de Lutte Contre le Cancer de la région ainsi que l’Institut de Cancérologie de la Loire. Outre le GCS, le consortium rassemble l’Université Claude Bernard Lyon 1, l’Université Clermont Auvergne, l’Université Grenoble-Alpes, l’Université Jean Monet St Etienne ainsi que l’école des Mines de Saint Etienne et La Fondation Synergie Lyon Cancer.

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légende du territoire AURAGEN

La plateforme propose une offre de séquençage à très haut débit aux acteurs impliqués en cancérologie et dans la prise en charge des maladies rares, selon un processus industriel permettant de faire face au très grand nombre de patients et au volume de données générées.

La prescription, ordonnée par un médecin pouvant travailler sur un site distant, doit être discutée en Réunion de Concertation Pluridisciplinaire (RCP) moléculaire dépendant de l’INCa pour le cancer ou en RCP affiliée à une ou plusieurs filières de santé « maladies rares » en constitutionnel.

L’échantillon est pris en charge par le Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Site AURAGEN (LBMMS) autorisé par l’ARS dans un circuit encadré par des protocoles éthiques, cliniques et techniques entièrement traçables. L’extraction des ADN/ARN et le séquençage sont réalisés dans le laboratoire de biologie médicale situé dans les locaux des HCL (Hospices Civils de Lyon). Le traitement bio-informatique des séquences est réalisé sur les sites du CHUGA (CHU Grenoble-Alpes) et du CLB (Centre Léon Bérard). Les données sont analysées et interprétés dans les différents établissements partenaires du GCS par les experts AURAGEN et des collègues compétents dans la pathologie du patient.

Après séquençage, réalisé sur le site de l’Hôpital Edouard Herriot des HCL dans la partie « humide » du LBMMS AURAGEN, les données de séquence produites sont transmises au Centre de Calcul Haute Performance (HPC) AURAGEN, coordonné par le CHUGA et situé sur un site hébergeur de données de santé, qui exécute les pipelines automatiques de calcul des variants et prend en charge l’archivage des données brutes.

Les données sont analysées pour détecter les variants génomiques. La liste des variants produite fait l’objet d’un traitement bio-informatique et d’une interprétation médicale permettant la rédaction d’un compte rendu établi par les praticiens habilités AURAGEN.

Les bio-informaticiens sont rassemblés sur le site « CLB » pour les analyses tumorales et sur le site « CHUGA » pour les maladies rares.

Le résultat de l’examen est enfin transmis au prescripteur et discuté avec la RCP avec laquelle il est en lien.

Les données cliniques, anatomopathologiques ainsi que les résultats seront transmis au Collecteur Analyseur de Données (CAD) national lorsque celui-ci sera opérationnel.

Découpage territorial AURAGEN

En 2018, La DGOS a proposé une répartition géographique entre les deux premières plateformes du plan FMG2025 (AURAGEN et SeqOIA) afin de simplifier le circuit d’envoi des prélèvements.

AURAGEN a en charge :

  • Auvergne Rhône-Alpes
  • Bourgogne Franche Comté, Grand Est
  • Languedoc Roussillon
  • Nouvelle Aquitaine
  • Occitanie
  • Provence Alpes Côte-d’Azur
  • Corse
  • Outre-Mer

La sous-traitance du transport des échantillons est confiée à la société Biologistic.

Présentation vidéo de la plateforme AURAGEN